Strona główna

Techniki molekularne w mikrobiologii sylabus informacje ogólne


Pobieranie 54.54 Kb.
Data19.06.2016
Rozmiar54.54 Kb.
Techniki molekularne w mikrobiologii

SYLABUS

  1. Informacje ogólne




Elementy sylabusu

Opis

Nazwa jednostki prowadzącej kierunek

Uniwersytet w Białymstoku, Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Biologii

Nazwa kierunku studiów

biologia

Poziom kształcenia

studia pierwszego stopnia

Profil studiów

ogólnoakademicki

Forma studiów

stacjonarne

Kod przedmiotu

0200-BS1-5TMM

Język przedmiotu

polski

Rodzaj przedmiotu

przedmiot obowiązkowy, moduł specjalnościowy biologia eksperymentalna i molekularna

Rok studiów /semestr

III rok / V semestr

Wymagania wstępne

Student powinien mieć zaliczony przedmiot Mikrobiologia

Liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć

wykład – 15 godz.

laboratoria – 15 godz.



Założenia i cele przedmiotu

Celem przedmiotu jest wprowadzenie studenta w zagadnienia podstawowych technik molekularnych wykorzystywanych w mikrobiologii. Podczas realizacji zajęć student nabywa umiejętność posługiwania się podstawowymi technikami molekularnymi stosowanymi w mikrobiologii. Przedmiot umożliwia także studentom zrozumienie zastosowań najważniejszych metod molekularnych stosowanych w badaniach mikrobiologicznych.

Metody dydaktyczne oraz ogólna forma zaliczenia przedmiotu

Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, wykonywanie doświadczeń według instrukcji podczas zajęć laboratoryjnych, analiza wyników

Formy zaliczenia przedmiotu: zaliczenie na ocenę laboratoriów, egzamin.






Efekty kształceniai

Odniesienie do kierunkowych efektów kształcenia

1. Student opisuje podstawowe techniki biologii molekularnej oraz ich zastosowania w genetyce mikroorganizmów.

K_W02, K_U07

2. Student posługuje się terminologią fachową w celu opisu genomów mikroorganizmów oraz technik badawczych w mikrobiologii.

K_W10, K_W14, K_U06, K_U07

3. Student rozpoznaje, ocenia i wykazuje świadomość możliwych zagrożeń mikrobiologicznych w laboratorium, środowisku oraz żywności.

K_U01

4. Student nabiera praktycznej umiejętności pracy z aparaturą laboratorium biologii molekularnej mikroorganizmów.

K_U09, K_U15, K_U16

5. Student wykazuje dbałość o bezpieczeństwo pracy w laboratorium i świadomość poszanowania pracy własnej i innych.

K_U16




Punkty ECTS

2

Bilans nakładu pracy studentaii

Ogólny nakład pracy studenta: 50 godz. w tym: udział w wykładach: 15 godz.;

udział w zajęciach laboratoryjnych: 15 godz.; przygotowanie się do zajęć, zaliczeń, egzaminów: 16,3 godz.; udział w konsultacjach, zaliczeniach, egzaminie: 3,8 godz.



Wskaźniki ilościowe

Nakład pracy studenta związany z zajęciamiiii:

Liczba godzin

Punkty ECTS

wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela

33,8

1,4

o charakterze praktycznym

35

1,4




Data opracowania:

29.08.2013

Koordynator przedmiotu:

dr Marek Bartoszewicz

SYLABUS

  1. Informacje szczegółowe

Elementy składowe sylabusu

Opis

Nazwa przedmiotu


Techniki molekularne w mikrobiologii

Kod przedmiotu

0200-BS1-5TMM

Nazwa kierunku

biologia, studia pierwszego stopnia

Nazwa jednostki prowadzącej kierunek

Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii

Język przedmiotu

polski

Rok studiów/ semestr


trzeci rok, piąty semestr (zimowy)

Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz forma prowadzenia zajęć

15 godz., wykład

Prowadzący


dr Marek Bartoszewicz

Treści merytoryczne przedmiotu:

  1. Genomy mikroorganizmów (wirusy, bakterie, grzyby jednokomórkowe). Cechy genetyczne wykorzystywane w analizach z zastosowaniem technik molekularnych.

  2. Transfer genów wertykalny i horyzontalny oraz jego zastosowanie w technikach molekularnych. Markery molekularne w mikrobiologii.

  3. Techniki molekularne dotyczące analiz białek (allozymy, izozymy)

  4. Techniki molekularne analizujące kwasy nukleinowe. Sposób poboru prób, izolacja kwasów nukleinowych (DNA chromosomowe, DNA plazmidowe, RNA). Przygotowanie i przechowywanie prób. Ocena jakości wyizolowanego materiału.

  5. Amplifikacja całych genomów. Techniki genotypowania oparte o tzw. genetyczne odciski palców (DNA fingerprinting).

  6. Technika PCR i jej modyfikacje. Amplifikacja w czasie rzeczywistym na matrycy RNA (real-time RT-PCR).

  7. Sekwencjonowanie DNA i techniki genotypowania mikroorganizmów oparte na analizach sekwencji nukleotydowych genów.

  8. Techniki genotypowania oparte o analizę restrykcyjną fragmentów DNA.

  9. Hybrydyzacja DNA-DNA. Southern, western oraz northern blot.

  10. Fagotypowanie.

  11. Praktyczne zastosowanie podstawowych technik molekularnych w mikrobiologii.




Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich weryfikacji

Efekty kształcenia:

  1. Student opisuje podstawowe techniki biologii molekularnej oraz ich zastosowania w genetyce mikroorganizmów.

  2. Student posługuje się terminologią fachową w celu opisu genomów mikroorganizmów oraz technik badawczych w mikrobiologii

  3. Student rozpoznaje, ocenia i wykazuje świadomość możliwych zagrożeń mikrobiologicznych w laboratorium, środowisku oraz żywności.

Sposoby weryfikacji:

  1. Egzamin pisemny w formie testu zamkniętego

Forma i warunki zaliczenia

przedmiotu




1. Obecność na zajęciach.

2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów.

3. Pozytywna ocena egzaminu.


Wykaz literatury podstawowej

i uzupełniającej



Literatura podstawowa:

  1. Kunicki-Goldfinger W.J.H., Życie bakterii. PWN, Warszawa, 2004.

  2. Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 2004.

  3. Baj J., Markiewicz Z., Biologia molekularna bakterii. PWN, Warszawa, 2006.

  4. Kur J., Podstawy inżynierii genetycznej. Politechnika Gdańska, Gdańsk 1994.

Literatura uzupełniająca:

  1. KOSMOS. Problemy nauk biologicznych. Tom 51, Numer 3, strony 227-373, 2002.





……………………………….

podpis osoby składającej sylabus



SYLABUS

  1. Informacje szczegółowe

Elementy składowe sylabusu

Opis

Nazwa przedmiotu


Techniki molekularne w mikrobiologii

Kod przedmiotu

0200-BS1-5TMM

Nazwa kierunku

biologia, studia pierwszego stopnia

Nazwa jednostki prowadzącej kierunek

Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii

Język przedmiotu

polski

Rok studiów/ semestr


trzeci rok, piąty semestr (zimowy)

Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz forma prowadzenia zajęć

15 godz., laboratoria

Prowadzący


dr Marek Bartoszewicz

Treści merytoryczne przedmiotu:

  1. Organizacja pracy w laboratorium biologii molekularnej. Zasady pracy z substancjami niebezpiecznymi (np. EtBr, akrylamid). Zasady zachowania czystości i unikania skażeń mikrobiologicznych i materiałem genetycznym.

  2. Metody izolacji i i oczyszczania DNA plazmidowego i chromosomalnego: izolacja DNA plazmidowego metodą lizy alkalicznej, metodą perełek szklanych, izolacja DNA w gradiencie gęstości CsCl + EtBr, izolacja DNA z użyciem komercyjnych zestawów (mini kolumny ze złożem krzemionkowym).

  3. Enzymy restrykcyjne: charakterystyka, zastosowanie, trawienie DNA plazmidowego i chromosomalnego bakterii. Określanie aktywności endonukleaz. Profile restrykcyjne. Elektroforeza w pulsowo zmiennym polu elektrycznym (PFGE), polimorfizm fragmentów restrykcyjnych (RFLP). PCR-RFLP w identyfikacji gatunków grzybów i bakterii.

  4. Enzymy modyfikujące DNA i RNA: polimerazy DNA i RNA, odwrotna transkryptaza, topoizomerazy, nukleazy, rybonukleazy, deoksyrybonukleazy, endonukleazy i egzonukleazy.

  5. Łańcuchowa reakcja syntezy fragmentów DNA (PCR), jej odmiany i zastosowanie (np. real-time PCR, RT-PCR, PCR odwrócony i in.).

  6. Sekwencjonowanie DNA, metody oznaczania sekwencji nukleotydów w DNA, metoda Sangera, metoda Maxama i Gilberta.

  7. Elektroforeza białek w żelu poliakrylamidowym.

  8. Komórki kompetentne, transformacja komórek Escherichia coli plazmidowym DNA. Klonowanie, wektory używane do klonowania genów w komórkach prokariotycznych. Technika elektroporacji i jej zastosowanie.

  9. Hybrydyzacja kwasów nukleinowych metodą Southern i jej zastosowanie.

Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich weryfikacji

Efekty kształcenia:

  1. Student opisuje podstawowe techniki biologii molekularnej oraz ich zastosowania w genetyce mikroorganizmów.

  2. Student posługuje się terminologią fachową w celu opisu genomów mikroorganizmów oraz technik badawczych w mikrobiologii.

  3. Student rozpoznaje, ocenia i wykazuje świadomość możliwych zagrożeń mikrobiologicznych w laboratorium, środowisku oraz żywności.

  4. Student nabiera praktycznej umiejętności pracy z aparaturą laboratorium biologii molekularnej mikroorganizmów.

  5. Student dobiera metody badawcze, planuje i przeprowadza eksperymenty z zakresu genetyki mikroorganizmów.

  6. Student wykazuje dbałość o bezpieczeństwo pracy w laboratorium i świadomość poszanowania pracy własnej i innych.

Sposoby weryfikacji:

  1. Bieżąca kontrola stanu wiedzy studentów przed zajęciami (wejściówki).

  2. Sprawdzian pisemny w formie testu zamkniętego.

  3. Bieżąca ocena pracy zespołowej podczas analizy uzyskanych w trakcie zajęć wyników.

  4. Sprawdzian praktyczny.

Forma i warunki zaliczenia

przedmiotu




  1. Obecność na zajęciach.

  2. Pozytywna ocena pracy studenta podczas zajęć.

  3. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów (pozytywna ocena sprawdzianu testowego.

Wykaz literatury podstawowej

i uzupełniającej



Literatura podstawowa:

  1. Kunicki-Goldfinger W.J.H., Życie bakterii. PWN, Warszawa, 2004.

  2. Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 2004.

  3. Baj J., Markiewicz Z., Biologia molekularna bakterii. PWN, Warszawa, 2006.

  4. Kur J., Podstawy inżynierii genetycznej. Politechnika Gdańska, Gdańsk 1994.

Literatura uzupełniająca:

  1. KOSMOS. Problemy nauk biologicznych. Tom 51, Numer 3, strony 227-373, 2002.

  2. Sambrook J., Russell D.W., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, CSHL Press, 2001.


………………………………. podpis osoby składającej sylabus


i Opis zakładanych efektów kształcenia w zakresie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych, z uwzględnieniem form zajęć. Uwzględnia się tylko efekty możliwe do sprawdzenia (mierzalne / weryfikowalne).

ii Przykładowe rodzaje aktywności: udział w wykładach, ćwiczeniach, przygotowanie do zajęć, udział w konsultacjach, realizacja zadań projektowych, pisanie eseju, przygotowanie do egzaminu. Liczba godzin nakładu pracy studenta powinna być zgodna z przypisanymi do tego przedmiotu punktami ECTS wg przelicznika : 1 ECTS – 25÷30 h.

iii Zajęcia wymagające bezpośredniego udziału nauczyciela są to tzw. godziny kontaktowe (również te nieujęte w rozkładzie zajęć, np. konsultacje lub zaliczenia/egzaminy). Suma punktów ECTS obu nakładów może być większa od ogólnej liczby punktów ECTS przypisanej temu przedmiotowi.




©snauka.pl 2016
wyślij wiadomość